人外阴和阴道的鳞状上皮能抗拒淋球菌的侵入，但淋球菌可侵入前尿道粘膜和尿道的附属腺体。在受染的第2～7天，尿道和尿道附属腺体的急性卡他性化脓性炎使脓性渗出物自尿道口流出，尿道口充血、水肿。如不治疗则病变上行延及后尿道及其附属腺体、前列腺、附睾和精囊腺，或Batholin腺、Skene腺（女性的尿道旁腺）、子宫颈以至输卵管，引起上述组织的化脓性炎，然而难以解释的是睾丸炎却极少见。在前列腺可形成脓肿。之后，尿道炎性瘢痕导致尿道狭窄，排尿困难。输卵管炎可导致输卵管繖粘连，脓性渗出物积于输卵管腔内成为输卵管积脓，从而局部感染慢性化。输卵管病变如延及卵巢，两者粘连，形成输卵管卵巢脓肿；病变更可扩展至盆腔，引起盆腔器官粘连。上述病变可导致所谓盆腔炎性疾病（pelvic inflammatory disease，一种含义并不十分明确的临床病理综合征，大部分病例为淋病所致）。患者可因而不育。

　　约1％～3％的患者可发生菌血症。临床上似脑膜炎球菌败血症的暴发性败血症也可发生，但极少见，表现为皮肤的点状出血和脓包，甚至发生急性心内膜炎和脑膜炎。

　　近年来基因诊断技术的应用，使淋病快速诊断有重大突破。目前用于淋球菌检测的基因诊断方法主要是基因探针技术。基因探针有质粒DNA探针，菌毛DNA探针，染色体基因探针和rRNA基因探针。取少许尿道或宫颈分泌物提取DNA，经PCR扩增，然后用其探针检测，具有敏感性高，特异性强的优点。